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Pokémon O Filme: Mewtwo Contra Ataca (Mewtwo Strikes Back)
No filme Pokémon O Filme: Mewtwo Contra Ataca, Ash continua sua jornada para se tornar um grande mestre Pokémon quando recebe um misterioso convite de batalha do maior treinador Pokémon do mundo. Mal sabe ele que o tal além de tudo é também o Pokémon mais poderoso do mundo, que foi resultado de um experiência para clonar Mew. Seu nome é Mewtwo e seu objetivo é eliminar os humanos da Terra, pois em sua visão esse é o único jeito dos Pokémons serem livres e felizes. Para impedir essa loucura, Ash contará com ajuda de muitos Pokémons, inclusive do lendário Mew, e uma batalha entre Pokémons e Super Clones está prestes a começar!

Pokémon O Filme 2000: O Poder de Um (The Power of One)
No filme, Ash continua sua jornada pelas Ilhas Laranja junto com Misty]] e Tracey até que uma tempestade estranha e inesperada leva o barco deles para fora da rota em uma ilha que no momento comemora um antigo festival regido por uma lenda, que diz que ao pegar os três tesouros, o escolhido salvará o mundo e domará a fera do mar. Devido a suas característica, Ash acaba se tornando o escolhido e sai em busca dos tais tesouros.
Em sua busca, ele acaba sendo capturado junto com Moltres (o pássaro lendário do fogo) e Zapdos (o pássaro lendário do trovão) por um estranho colecionador que deseja ir mais além capturando Articuno (o pássaro lendário do gelo) para com as três aves lendárias despertar a fera do mar: Lugia. O problema nisso tudo é que, com a harmonia das três aves desfeita, o mundo começa a entrar em colapso e cabe a Ash agora cumprir seu papel como escolhido e salvar o mundo mais uma vez.

Pokémon 3: O Feitiço dos Unown (Spell of the Unown)
A história se passa durante a jornada de Ash, Misty e Brock pelo continente Johto, quando o trio resolve dar uma paradinha na cidade Grienfield. A cidade é famosa por seus lindos campos floridos mas quando o trio chega lá, encontram parte da paisagem totalmente cristalizada. Para tentar resolver o problema, chega à cidade também o Prof.° Carvalho acompanhado de Délia Ketchum, a mãe de Ash.
O Prof.° Carvalho começa a pesquisar e as suspeitas se caem sobre os Unown, antigos e raros Pokémon que podem realizar o poder de qualquer pessoa. Acredita-se que uma jovem garotinha chamada Molly, que perdeu seus pais e mora numa grande mansão agora cristalizada em forma de torre, esteja usando os Unown inconscientemente e criando toda a confusão. Para piorar, surge um Entei vindo da torre e rapta a mãe de Ash, que sem ouvir o Prof.° Carvalho parte para a misteriosa e perigosa torre visando resgatar sua mãe.

Pokémon 4: Viajantes do Tempo (Pokémon 4Ever)
No filme, tudo começa 40 anos no passado, quando o jovem Sammy segue sua jornada pela Floresta Ilex até que encontra Celebi]], bastante fraco e machucado, sendo perseguido por um caçador. Tentando proteger o pequeninho, Sammy pega Celebi nos braços e sai correndo quando então Celebi, para fugir, realiza uma viagem no tempo.
Após a viagem, Sammy chega aos tempos atuais e encontra com Ash, Misty e Brock, fazendo uma forte amizade entre eles e Celebi. Tudo são flores até que outro caçador, agora mais forte e membro especial da Equipe Rocket, aparece desejando Celebi para sí. Agora, juntamente com Sammy, Ash lutará contra o tal caçador e impedir que o Celebi e toda a floresta sejam destruídos.

Heróis Pokémon (Pokémon Heroes)
No filme, tudo começa em uma competição de corrida aquática na cidade Altomare, em que Ash participa com seu Totodile e Misty com seu Corsola. Com uma disputa bem acirrada, Misty acaba levando a melhor e ganha um pingente representando a Jóia da Alma, uma poderosa jóia que salvou Altomare tempos atrás.
Indo ao museu para descobrir mais sobre a história da cidade, o trio conhece a lenda dos Pokémons Latios e Latias que junto com a tal jóia salvaram Altomare do grande mal e trouxeram beleza à cidade. Após a históra, eles resolvem conhecer a cidade e, se separando do grupo, Ash e Pikachu encontram uma garota sendo perseguida por duas mulheres estranhas. Depois de um rápido combate, Ash salva a garota que na verdade é um... Pokémon. Era Latias.
Latias então leva Ash e Pikachu para um jardim secreto, onde ela vive junto com Latios e a Jóia da Alma. O problema é que as duas mulheres de antes encontram o jardim, capturam Latios e aproveitam para roubar a Jóia da Alma. Desesperada, Latias procura por Ash para socorrê-la, ficando a cargo do treinador, Pikachu e da própria Latias salvarem Latios, Altomare e impedir que a cidade seja engolida pelo mar. O destaque do filme fica por conta da amizade entre Ash e Latias, já que ela se liga muito ao garoto, no decorrer da estória.

Pokémon 6: Jirachi, Realizador de Desejos (Jirachi Wishmaker)
No filme, Ash e seus amigos continuam viajando por Hoenn quando decidem fazer uma pausa em um festival comemorativo a uma famosa estrela milenar. No festival eles conhecem o mago "Grande Mordomo" e sua assistente Daiane, que presenteiam Max com uma espécie de cristal roxo, onde dentro dele está o lendário Pokémon Jirachi, capaz de atender desejos. Quando Jirachi desperta, as intenções do "Grande Mordomo" se tornam claras: ele quer usar o poder de Jirachi junto com a estrela milenar para ressuscitar o Pokémon Guardião da terra Groudon e vingar-se da Equipe Magma! Para impedir o "Grande Mordomo", Daiane se junta a Ash, Brock, May e Max que farão todo o possível para evitar que Jirachi caia nas mãos do "Grande Mordomo". Max torna-se parceiro de Jirachi neste filme, ligando-se muito ao pequeno pokemon enquanto estão juntos.

Pokémon 7: Alma Gêmea (Destiny Deoxys)
O filme começa quatro anos atrás, quando o Prof° Lund e sua equipe de pesquisas estão em uma região gélida pesquisando o comportamento dos Pokémons locais. Também no local da pesquisa estava Tory, o filho do Prof° Lund, que estava tendo seu primeiro contato direto com os Pokémon.
Tudo ia bem até que um meteoro cai na região e dele sai o Pokémon do espaço Deoxys. Percebendo que talvez Deoxys fosse uma ameaça à Terra, o Pokémon Guardião Rayquaza aparece trava uma dura batalha contra o invasor até que consegue o derrotar e retorna para os céus. Enquanto tudo isso ocorria, os Pokémon locais se assustaram muito e saíram correndo com tal desespero que quase atropelaram o pequeno Tory...
De volta ao presente, Ash, Pikachu, May, Max e Brock chegam à cidade Larrouse, famosa por ser totalmente tecnológica. Lá, Ash conhece Tory que, desde o incidente anos atrás, não consegue ter contato com Pokémon por ter medo e, devido a isso, seu único amigo é uma estranha e misteriosa luz com inteligência artifícial.
Ash e Tory também conhecem outros treinadores que competem na Battle Tower da cidade e aos poucos Tory vai perdendo seu medo, até que Deoxys surge na cidade e fez todos os seus moradores de refém, transformando tudo em um caos. Cabe então aos fugitivos Ash e cia., Tory e os treinadores locais salvarem a cidade dessa terrível ameaça. Será que eles conseguem?.

Pokémon: Lucario e o Mistério de Mew (Lucario and the Mystery of Mew)
A história do filme começa muitos anos antes, quando uma terrível guerra entre humanos e Pokémon que estava ocorrendo e Aaron, um valente guerreiro, junto ao seu Lucario resolvem dar um fim nisso tudo e trazer a paz novamente ao mundo. Aaron acredita que indo até a Árvore da Origem e usando seu poder, tudo poderá ter fim, mas o caminho até a tal árvore é complicado e perigoso. Pensando nisso, Aaron decide selar Lucario em seu cetro, mesmo que o Pokémon não concordasse com isso. Logo em seguida, ele sobe em seu Pidgeot ruma à Árvore da Origem e coloca um fim na guerra. De volta ao presente, o povoado do qual Aaron e Lucario vivam estão comemorando um festival em homenagem aos dois heróis. Como parte do festival, existe um torneio de batalhas Pokémon onde o campeão será o representante de Aaron durante o festival. Obviamente, Ash entrou no torneio e depois de duras batalhas conseguiu vencer! Com um baile no estilo medieval todo especial, Ash e cia. dançam bastante e os Pokémon deles se divertem um pouco em uma sala do imenso castelo. Porém, os problemas começam quando Mew surge e acaba levando consigo Pikachu e Meowth para a Árvore da Origem. Como se não bastasse, Lucario consegue se libertar do cetro que o prendia e agora está totalmente amargurado e sem confiança nenhuma nos humanos. Começa então uma jornada onde Ash e Lucario terão que trabalhar juntos para compreender os segredos da Árvore da Origem para novamente salvar o pequeno povoado da destruição. Como pontos principais, o filme desenvolve a história de Lucario para entender os motivos de Aaron tê-lo deixado para trás, bem como o crescimento da amizade e respeito entre Ash e o pokemon lutador/metálico.

Pokémon Ranger e o Lendário Templo do Mar (Pokémon Ranger and the Temple of the Sea)
A história começa quando o Pokémon Ranger Jackie é mandado para encontrar informações sobre Manaphy. Ele consegue pegar o "ovo" de volta, que está Manaphy (não era para ser um Phione?). Ash e cia chegam em uma cidade, e sem saber, se encontram com Jackie. May desconfia que tem algo estranho naquela "casa", e assim, descobre Manaphy. May fica sendo uma mãe para Manaphy, mas será que ela seguirá a sua jornada com seu novo companheiro? Lembre Phione não evolui para Manaphy Phione é um Resultado de um Cruzamento (Breeding). May liga-se a Manaphy no filme, agindo como "mãe" do pequeno pokemon.

Pokémon: O Pesadelo de Darkrai (Rise of Darkrai)
Ash, Brock e Dawn chegam ao local de mais um concurso da coordenadora, o cidade de Alamos. A cidade possui duas grandes torres chamadas de Torre Espaço-Tempo. Mas Darkrai aparece e tenta avisar da poderosa luta que está acontecendo. A luta é entre Palkia, guadião do espaço e Dialga, guardião do tempo. Nesta terrivel luta, Palkia se machuca e tenta se refugiar na cidade de Alamos. Agora, Darkrai vai fazer de tudo para parar a terrivel luta que se encontra na cidade de Alamos.

Pokémon: Giratina e o Guerreiro Celeste(Giratina & The Sky Warrior)
Ash, Dawn e Brock continuam sua jornada por Sinnoh e pausam para um descanso, quando um misterioso, pequeno, Pokémon aparece revando-se ser Shaymin, parecendo estar muito fraco e cansado. Através da telepatia, o Pokémon diz que Giratina passou a perseguí-lo, pois ele se envolveu acidentalmente na batalha entre Dialga e Giratina, usando o golpe Semente Ofuscante (Seed Flare) para se proteger e fugir do Mundo Reverso. Dialga aproveitou o ataque e fugiu também. Com isso, Giratina se irritou com Shaymin e passou a perseguí-lo. Ash decide ficar ao lado de Shaymin para protegê-lo, mas parece que não é só Giratina que quer por as mãos no pequeno Pokémon. Zero, um estranho homem dono de uma gigantesca nave, está a procura de Shaymin e de uma entrada para o Mundo Reverso, embora não se saiba o que ele realmente tem em mente. Com a ajuda de Mugen, um estudioso desse mundo estranho, Ash e seus amigos. têm de encontrar uma maneira de deter Zero, antes que ele faça algo que afete os dois mundos. No decorrer do filme, somos apresentados às novas formas de Shaymin e Giratina. Além disso, embora vá para os braços de Dawn e implique constantemente com Ash, Shaymin parece confiar muito mais no garoto, quando a situação realmente fica preta.

Retirado do site:
http://pt.wikipedia.org/wiki/Filmes_de_Pok%C3%A9mon#Pok.C3.A9mon:Arceus-Rumo_.C3.A0_Supera.C3.A7.C3.A3o_do_Tempo_e_Espa.C3.A7o.28Arceus-Towards_The_Overcome.27s_Time_Space.29.29